Die Milwaukee Road bestellte Anfang der Siebziger 15 sechsachsige Personenzugloks für den Einsatz auf Nahverkehrsstrecken rund um Chicago, welche als F40C bezeichet wurden. EMD verwendete die SDP40F als Basis, ersetzte die Dampfkessel aber gegen einen zusätzlichen Dieselgenerator für den Einsatz mit neuen Personenwagen mit elektrischer Heizung. Der eingesetzte 16-Zylinder leistete hier 3.200 PS. Da bei anderen Bahngesellschaften kein Bedarf mehr nach sechsachsigen Personenzugloks bestand, blieb es bei den 15 Exemplaren. Als 1984 die Metra für den Personenverkehr im Raum Chicago gegründet wurde, gingen die Loks in deren Besitz über. In den Jahren nach der Jahrtausendwende wurden sie ersetzt gegen MP36PH.
Da Amtrak künftig nur noch vierachsige Personenzugloks beschaffen wollte und auf Grund von Unzulänglichkeiten der mit Dampf betriebenen Zugheizungen in großer Zahl Wagen mit elektrischer Heizung beschaffte, wurde ab 1975 die vierachsige F40PH ausgeliefert. Der Motor leistete 3.000 PS und trieb gleichzeitig einen zweiten Generator an, der je nach Bauserie bis zu 500 oder 800 kW für die Versorgung der Wagen erzeugte. Dass dieser Generator Drehstrom in der benötigten Frequenz erzeugte war es notwendig, dass der Motor konstant auf einer Nenndrehzahl von 893 Umdrehungen pro Minute läuft. Damit gehörten sie zu den Lokomotiven, die auch im Stand mit einem lauten Motorgeräusch auffielen. Spätere Serien erhielten einen zusätzlichen Dieselgenerator und vorhandene Loks wurden zum Teil nachträglich damit ausgerüstet, so dass sie im Leerlauf mit geringer Drehzahl laufen konnten und mehr Leistung für den Antrieb zur Verfügung stand. Nachgerüstete Maschinen werden als F40PH-2C oder F40PH-CAT bezeichnet, je nachdem, ob die Generatoren von Cummins- oder Caterpillar-Motoren angetrieben werden.
Von den 475 bei EMD gebauten F40PH hatte Amtrak bis 1988 210 Stück erhalten. 132 Stück davon waren entstanden, indem Amtrak die unbeliebten SDP40F an EMD zurückgegeben hatte und deren Motoren dann für den Bau einer F40PHR verwendet wurden. Andere wichtige Kunden waren die Regional Transportation Authority in Illinois und die kanadische Via Rail. Einige Exemplare hatten eine abgeschrägte Front statt der klassischen Haube. Weitere 31 Stück entstanden zwischen 1988 und 1998 bei Morrison-Knudsen und MotivePower Industries. Auch viele F40PH wurden nach der Jahrtausendwende gegen die MP36PH ersetzt, andere blieben aber auch nach 2010 weiter im Einsatz. Einige Maschinen gelangten in den Güterverkehr und wurden dafür mit einer kürzeren Übersetzung für 65 mph ausgestattet.
