Als die Mariazellerbahn zwischen 1908 und 1911 elektrifiziert wurde, sollten sowohl die Streckenausrüstung als auch die Lokomotiven von den Österreichischen Siemens-Schuckert-Werken (ÖSSW) geliefert werden. Zum ersten Mal in der Geschichte wurde eine längere Strecke mit Einphasenwechselstrom elektrifiziert. Das System der Wahl war eine einzigartige Kombination aus 6.500 Volt und einer Frequenz von 25 Hertz. Es wurden 16 Lokomotiven gebaut, die von der NÖLB als Reihe E bezeichnet wurden.

Während der elektrische Teil aller Lokomotiven von der ÖSSW kam, wurde der mechanische Teil nur bei 13 Lokomotiven von Krauss in Linz gebaut. Zwei kamen aus Floridsdorf und eine von Weitzer aus Graz. Die Lokomotiven standen auf zwei Drehgestellen mit je drei Achsen und einem ungefederten Fahrmotor, der seine Kraft über eine Blindwelle und Kuppelstangen übertrug. Jede Lokomotive verfügte über eine von zwei verschiedenen Getriebeübersetzungen für die flacheren oder steileren Streckenabschnitte.

Im Jahr 1923 ging die Strecke in den Besitz der BBÖ über und die Reihe trug weiterhin die Bezeichnung E. Im Jahr 1923 wurden die Übersetzungen aller Lokomotiven angeglichen. Die Reichsbahn bezeichnete sie ab 1938 als E 99 und auch die ÖBB nannten sie nach dem Krieg dementsprechend Reihe 1099. Zwischen 1959 und 1962 wurden sie gründlich modernisiert, wobei ein Großteil der elektrischen Ausrüstung und das äußere Erscheinungsbild verändert wurden.

Erst im Jahr 2000 wurden die ersten Lokomotiven abgestellt. Im Jahr 2010 wechselte das Eigentum an der Mariazellerbahn von den ÖBB zur NOVÖG und bald wurden weitere Lokomotiven ausgemustert, nachdem neue Stadler-Triebwagen eingeführt worden waren. Im Jahr 2013, mehr als 102 Jahre nach ihrer Einführung, wurde die letzte aus dem planmäßigen Dienst ausgemustert. Einige wurden aber weiterhin für Touristenzüge, zur Schneeräumung oder in Bauzügen eingesetzt.