Noch vor dem Beginn des Rekoprogramms begann die Reichsbahn damit, als Ersatz für veraltete Länderbahnloks und verschlissene Kriegsloks neue Güterzugloks zu beschaffen. Gefordert war eine Maschine mit einer Achslast von nicht viel mehr als 15 Tonnen, die universell einsetzbar sein sollte. Da auf Grund politischer Probleme die Beschaffung der tschechoslowakischen Reihe 556.0 nicht möglich war, entwickelte man auf Basis der Baureihe 50 eine neue Maschine. Dabei achtete man darauf, möglichst viele Gleichteile mit der gleichzeitig gebauten Baureihe 2310 zu verwenden.
In den Rahmenabmessungen war die Baureihe 5040 so gut wie identisch mit den Baureihen 50 und 52. Wie bei den Kriegsloks wurde ein Blechrahmen verbaut, der hier für die später abverlangten Belastungen zu schwach dimensioniert war. Der Kessel war eine Neukonstruktion mit Verbrennungskammer und Mischvorwärmer, der etwa 150 PS mehr leistete, als der der Baureihe 50. Dieser wurde später auch bei den Rekoloks der Baureihen 5035, 5830 und 5280 verwendet. Für bessere Leerlaufeigenschaften wurden Trofimoff-Schieber verwendet.
Ursprünglich war die Beschaffung von 350 Loks geplant. Vermutlich auf Grund der Rekoloks wurde die Produktion jedoch im Dezember 1960 nach nur 88 fertiggestellten Loks eingestellt. Bei der 50 4088 handelte es sich um die letzte normalspurige Dampflok, die in Deutschland neu gebaut wurde. Schon ab 1968 war die Baureihe 5040 nur noch im Bereich der Reichsbahndirektion Schwerin im Einsatz. Es dauerte noch bis 1980, bis die letzte ausgemustert war. Als einzige heute erhaltene Maschine steht die 50 4073 in Nördlingen. Sie wird seit 2016 wiederaufgebaut, befindet sich seit Juni 2022 im Dampflokwerk Meiningen und könnte schon 2023 wieder einsatzfähig sein. Auch die 50 4088 hätte erhalten werden sollen, was aber nach einem Unfall aufgegeben werden musste.