Die nächste Leistungsstufe nach der GP30 war die GP35, die 1963 eingeführt wurde. Dank Verbesserungen an den Fahrmotoren konnten nun 2.500 PS aus dem Motor des Typs EMD 567D geholt werden, welcher seit der GP20 im Einsatz war und bisher sein volles Leistungspotenzial bei vierachsigen Loks nicht ausnutzen konnte. Die Fertigung erfolgte wieder sowohl in den USA, als auch in Kanada und insgesamt entstanden 1.334 Exemplare. Davon gingen 24 Stück an die Canadian Pacific, zwei an die Canadian National, 55 an die mexikanische Staatsbahn, zwei an die Bahn Sonora-Baja California und alle restlichen an US-Kunden. Die größten Kunden in den USA waren die Santa Fe, die Pennsylvania Railroad und Southern Pacific, die jeweils über 100 Exemplare bestellten. Viele Bahngesellschaften erhielten ihre GP35 im Tausch gegen alte Loks der F-Serie und von Alco an EMD. Dort wurden die Drehgestelle mitsamt den Fahrmotoren weiterverwendet und mit neuen Aufbauten versehen.

Neun Monate nach der GP35 wurde die GP28 ins Programm aufgenommen. Bei ihr handelte es sich um eine günstigere Variante, die nur über eine installierte Leistung von 1.800 PS verfügte. Die Leistung kam vom selben Motor, der aber nur über einen Roots-Kompressor statt dem Turbolader verfügte und deshalb in etwa der gleichen Leistungsklasse wie der Motor der GP9 lag. Bei der GP9 handelte es sich jedoch noch um den EMD 567C, während die GP28 den moderneren EMD 567D1 hatte. Die Verkaufszahlen hielten sich jedoch in Grenzen und es wurden nur 31 Stück gebaut, davon 15 für Mexiko und Peru. Weitere sehr ähnliche Loks entstanden, als die Burlington Northern von der Northern Pacific einige GP9 aufkaufte und sie auf den selben technischen Stand brachte. Diese Loks werden als GP28M bezeichnet.